À mes amis scientifiques !!!!

Bonjour à vous tous,

Désolé si les nouvelles ont tardées un peu, j'ai fait un petit blog où vous pourrez avoir des mises à jours de mes aventures tout au long de mon séjour à Marseille.

Voici un petit topo de la situation scientifique de mon séjour. D’abord, l’accueil est très chaleureux de la part de Christian (Hé oui, le vous et le M. Cambillau sont de l’histoire ancienne et j’essais tant bien que mal de respecter le tutoiement universel de tous les membres du laboratoire même M. Cambillau). Alors, comme je le disais, Christian m’a reçu à deux reprises pour les repas à sa résidence. Résidence qui mérite une mention spéciale puisqu’il s’agit d’une ancienne bastide. C’est-à-dire que c’est en quelque sorte une résidence d’été des nobles d’autre fois et parfois, il s’agit aussi de la résidence principale du baron de la ville. Il occupe le premier étage alors qu’une dame occupe le second. Tout est conservé, les plafonds font au moins 15 pieds, la marqueterie est originale et il y a même des fresques originales sur les murs. Bref… Formidable !!! La femme de Christian, Mariella, est très sympathique, et, soit dit en passant, elle dirige une branche de la recherche du labo !

Le premier jour fut assez éprouvant ! Visite du labo, tous les équipements (et la liste est longue), le personnel et les étudiants (la liste est encore plus longue). Ensuite on enchaîne avec un topo de la situation AbiKQT et je présente un bref survol de la situation pour ce qui est des avancées pour les Abi et ce que je compte faire durant mon stage.

Comme je l’ai mentionné préalablement, ma résidence est IMPÉCABLE !!!!!!!! Non mais, je crois entrer dans un appartement qui est tout neuf et il est situé à environ 800m du labo… Encore une fois, Christian fait preuve d’une très grande générosité et me fournit les draps, les cafetières italiennes (1 et 2 tasses) et le cellulaire ! Quoi demander mieux ? Rien !

Maintenant place à la science ! Les manip commencent, l’équipe est très disponible et répond à mes très nombreuses questions qui consistent principalement à où, où, où, où, où, où est ceci et comment vous faites… La moitié de mon temps, je le passe à me chercher, mais les choses vont se replacer.

Premier clonage … GateWay !!! WOW ! Le principe est très simple. Amplification PCR, vérification sur gel, purification, dosage au NanoDrop (J’y revient un peu plus loins), réaction BP qui consiste à insérer le produit PCR dans un vecteur donneur par recombinaison (1 h d’incubation à température pièce suffit), si on veut, on peut transformer la première réaction… mais, ce n’est pas nécessaire ! On peut immédiatement passé à l’étape suivante ! La réaction LR qui consiste faire la recombinaison entre le plasmide donneur et le plasmide d’expression. Encore une fois 1h suffit pour la réaction. On transforme le tout dans des cellules de clonage. Le lendemain, 4 colonies sont vérifiées par PCR (non, pas plus, 4 colonies, seulement 4…). Le résultat ? Trois colonies sont positives au PCR et, ce, dans les deux vecteurs utilisés (3/4 positifs en une seule journée !!!!!!! Pensez-y !!!!) Le coût ? Hmmm, c’est à ce moment que les choses se gâtet. La BP, (attention les non scientifiques, vous risquez de tomber en bas de votre chaise), 2193,00$ pour 100 réactions et la LR, 2195,00$ pour 100 réactions aussi. Donc, calcul rapide, environ 45$ le clonage.

Ah oui ! J’oubliais de revenir sur le NanoDrop ! C’est en fait un gadget pour les laboratoires qui ont trop d’argent… À Marseille, il pleut très peu durant l’été, mais ce ne semble pas être le cas de l’argent si l’on regarde les équipements du labo ! Attention, je veux vraiment spécifier que l’argent ne tombe pas des arbres (ni des cactus dans le cas de Marseille), mais c’est davantage le résultat de dure labeur. Bref, le NanoDrop (environ 15 000 $) permet de quantifier, protéine, ARN, ADN en moins de … 1 min. pour être généreux ! Deux µL suffisent, pas besoin de réchauffer la lampe, ni de rincer la cuvette (il n’y en a pas). On dépose la goutte sur le récepteur et voilà ! La lecture couvre toutes les longueurs d’onde où il pourrait y avoir des contaminants qui pourraient interférer avec les futures interactions. La cerise sur le Sunday ! le tout est relié à un ordinateur et on peut faire imprimer un rapport (une courbe de l’absorbance en fonction de la longueur d’onde) sur une feuille AUTOCOLLANTE que l’on peut directement coller dans le cahier de labo !

J’ai aussi fait mes premiers essais d’expression des protéines ORF41 et E14 avec le système que j’utilisais à Québec. Comme je m’y attendais avec la lyse au soniquateur, les protéines étaient insolubles. Mais, j’ai pu m’initier au AKTA. Un système de purification à moyen débit. En 20 min., j’ai passé sur colonne ce qui me prend habituellement facilement une demie journée de travaille ! Malheureusement, l’AKTA est très en demande ! C’est pourquoi on doit le réserver… Si le premier est pris, on peut utiliser le 2e ou le 3e. Le tout est relié à un ordinateur et on peut suivre le processus en directe. On voit si la protéine est éluée correctement puisque les échantillons passent dans un lecteur UV qui lit la DO ce qui nous donne une idée de l’efficacité de la purification. De plus, pas besoin de changer les tubes pour les élutions puisque le tout se fait de façon automatisée.

Finalement, pour mes amis scientifiques et les autres curieux, j’ai eu la chance, l’opportunité … je n’ai pas de mot pour définir à quel point je me sens privilégier d’avoir visiter un Synchrotron. L’ESRF, qui se trouve à Grenoble, est l’un des plus gros synchrotron au monde, 1km de circonférence… Et vive la lumière !!! (J’ai essayé de faire l’inside à l’équipe pour me rendre compte assez rapidement que Passe Partout n’est pas très connu en France) Nous avions l’une des meilleures lignes du synchrotron ! Tout est automatisé ! On met les cristaux sur des loupes de nylons qui sont congelées dans l’azote liquide. Ces loupes sont placées dans des « basket » qui sont à leur tour chargé dans le robot. Chaque échantillon est chargé de façon très rapide afin d’éviter de dégeler les précieux et fragiles cristaux. Et ensuite, le plaisir commence… Ne vous inquiétez pas, il me fera plaisir de vous faire une présentation complète sur le synchrotron, mais les plus curieux d’entre vous peuvent aller voir mes nombreuses photos de l’établissement (on m’a surnommé le Canadien- Espion Japonais !) Vous noterez les dernières photos… Le voyage de retour… 3h de route après 24 h de travaille sans arrêt ! J’étais le seul à ne pas dormir et le conducteur bien entendu !!! Effectivement, nous sommes arrivés vendredi soir et avons mangé et dormis sur place ! Ensuite, nous sommes allés prendre une petite bière à Grenoble (une seule étant donné la journée qui nous attendait). Je désire offrir mes hommage à Sylvain (pas SM) qui a descendu une Guiness en moins de trois … min. pour être généreux ! Le lendemain matin, rendez-vous 8h am pour le petit déjeuner et ensuite nous nous rendons à l’accélérateur de particules. L’équipe avant nous nous laisse la place et la partie commence. Nous chargeons 5 baskets de 8 cristaux et les patrons de diffraction apparaissent à l’écran… du chinois ! Les questions fluent ! et je commence à me remémorer les cours de cristallo. Les conformations cristallines (P1, P2, P222, P22 22 21 et ainsi de suite, quel casse tête). Donc, de 8h30 am le samedi et le plaisir continu jusqu’à 8h30 am dimanche… 24h en ligne ! Quelle nuit merveilleuse, une des nuits blanches que je vais me remémorer TOUTE ma vie. J’espère tout de même avoir l’occasion d’y retourner avec mes cristaux ! Qui sait ?

Pour terminer, j’aimerais préciser une dernière chose… Je travaille comme un stagiaire qui est à l’extérieur !!! Et bien merde, avis aux langues salles qui avaient dit qu’à 17h je serais seul dans le laboratoire, j’arrive vers 8h00 et 8h30 et je quitte vers 21h30-22h00 et parfois plus… et dans bien des cas… je ne suis pas le dernier à partir !!!!!!!!!!!

Sur ces derniers mots, je vous laisse le bon soir et à la prochaine !

Simon

P.S. Ceci est un message qui se veut très amicale. Alors, veuillez me pardonner les fautes d’ortographes !